Trong túi tiêu hóa thức ăn sau khi được tiêu hóa ngoại bào lại tiếp tục tiêu hóa nội bào vì để hấp thu hết chất dinh dưỡng có trong thức ăn. Sau giai đoạn tiêu hóa ngoại bào, kích thước thức ăn vẫn còn lớn chưa được tiêu hóa thành các chất dinh dưỡng đơn giản. Thức ăn chưa tiêu hóa hoàn toàn đó cần được tiêu hóa nội bào (diễn ra trong không bào tiêu hóa) để chuyển hóa thành các chất dinh dưỡng đơn giản như axit amin, đường đơn, glycerin, axit béo,…
Ngoài ra, do túi tiêu hóa chỉ có một lỗ thông duy nhất ra bên ngoài nên hệ thống này chưa hoàn thiện. Vì vậy thức ăn cần được tiếp tục tiêu hóa nội bào (tiêu hóa trong không bào tiêu hóa), trở thành dạng đơn giản để cơ thể có thể hấp thụ được, đảm bảo không bỏ sót các thành phần dinh dưỡng thiết yếu có trong thức ăn.